Thomas Pfeiffer versah schon im Alter von 12 Jahren den Organistendienst in der Wallfahrskirche seines Heimatorts Neukirchen beim Heiligen Blut. Nach seinem Examen (B-Kirchenmusik) an der Fachakademie für katholische Kirchenmusik und Musikerziehung in Regensburg im Jahr 1989 betreute er knapp sieben Jahre als Kirchenmusiker die Pfarrei St. Johann Baptist in Glonn (Obb.).

Parallel dazu studierte Thomas Pfeiffer an der Hochschule für Musik und Theater in München Schulmusik für das Lehramt am Gymnasium (1. Staatsexamen) und Hauptfach Chordirigieren (Diplom) bei Roderich Kreile. Seit dem Jahr 1994 hat er einen Lehrauftrag für das Fach Klavier an der Musikschule im Zweckverband Kommunale Bildung im Landkreis Ebersberg.

Als Fachberater für Chor leitete er dort von 1997 – 2011 den Kammerchor Con Moto und die Glonner und Grafinger Chorkinder (gegründet als reiner Knabenchor „Glonner Chorbuben“ im Jahr 1992). Mit der Bezirksleitung Süd der Musikschule im Zweckverband Kommunale Bildung wurde er 2007 - 2010 ins Leitungsteam der viertgrößten Musikschule Oberbayerns aufgenommen.

Seine Pädagogische Arbeit ergänzt er mit freiberuflichen Engagements als Organist, Chorleiter und Pianist im Raum Oberbayern und im benachbarten Ausland. Das von ihm gegründete Salonorchester Capriccio spielt dabei eine wesentliche Rolle.

Im Jahr 2010 wurde er für seine Chorarbeit mit dem Tassilo-Preis, dem Kulturpreis der Süddeutschen Zeitung ausgezeichnet. Im Januar 2012 ehrte ihn die Gemeinde Glonn für seine Arbeit mit der Lena-Christ-Medaille.