Thomas Pfeiffer ist neben seiner Tätigkeit als Organist der evangelisch-lutherischen Kirchengemeinde Grafing, Aßling, Glonn auch freiberuflich im liturgischen Dienst und als Konzertorganist gefragt. Zu seinem Repertoire gehören, neben der traditionellen Orgelliteratur, auch die großen Passionen und Oratorien Bachs und ebenso große romantische Chorwerke mit reiner Orgelbegleitung.

Thomas Pfeiffer gestaltet bevorzugt Orgelkonzerte zusammen mit Sängern oder Instrumentalisten. Programminhalte sind in der Regel Werke, die sich nicht am geläufigen Repertoire orientieren.